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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

成都“全链条”补助重点研发项目******

　　1月5日，《成都市重点研发项目资助管理办法》（以下简称《管理办法》）新闻通气会在成都市科技局召开。成都市科技局党组成员、副局长陈旭表示，成都市将按照“基础研究—技术创新—成果转化—产业化”等全链条研发活动的思路，对重点研发项目采取前资助或后补助的支持方式，给予最高1000万元的经费支持。

　　陈旭说，按照《管理办法》成都市将打破当前研发项目分散在各类管理制度中的情况，通过“增设类别、调整定位、优化整合、保留提升、并入完善”5种方式，形成8类研发项目的基本架构——基础研究项目、技术创新研发项目、产业链协同创新项目、成果转化示范项目、科技人才支撑项目、科技创新合作项目、校企协同创新项目、国家级科技项目配套资助等。

　　《管理办法》明确，重点研发项目支持的重点领域为基础科学、技术科学、生命与医学、交叉融合领域；先进制造业、现代服务业、都市现代农业等重点产业以及未来产业领域；碳中和、生态保护、应急安全、智慧蓉城、医疗健康、文化和科技融合等社会发展领域，以及其他需重点支持的科技创新领域。

　　陈旭表示，《管理办法》中特别增设了基础研究项目和校企协同创新项目。其中，基础研究项目分为自主选题项目和需求引导项目，面向基础学科领域存在的基础性问题和科学前沿重大问题开展研究，支持经费分别为最高10万元和最高20万元。并且，“基础研究项目”是成都市首次在基础研究领域设立的研发项目。“这是结合实际以及城市经济社会发展与创新需求做出的调整。从全国范围看，基础研究项目多以在国家级以及省级层面设立为主，此次我市设置基础研究项目，这是成都落实《基础研究十年规划》的具体举措。”他说。

　　同时，《管理办法》中的产业链协同创新项目，则面向成都市建圈强链特色优势产业，支持链主企业、行业龙头企业等牵头联合产业链上下游单位，组建企业牵头、高校院所支撑、各创新主体相互协同的创新联合体，协同开展关键核心技术攻关，支持经费为最高1000万元；成果转化示范项目则支持具备稳链补链延链功能、催生新产业的科技成果在蓉转化应用，打造具有产业或区域带动意义的应用场景，支持经费为最高1000万元。（芶文涵 陈 科）

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）